Trenutne perspektive DNA barkodiranja u Bosni i Hercegovini putem BOLD baze podataka
DOI:
https://doi.org/10.54652/rsf.2020.v50.i1.40Ključne riječi:
biodiversity databases, BOLD Systems, DNA barcodingSažetak
UDK: 577.212:574]:007.5(497.6)
DNA kodiranje je metoda dizajnirana za pružanje brze i precizne identifikacije vrsta korištenjem jedne ili više kratkih sekvenci gena koje se nazivaju barkodovi. U većini studija biljaka i gljivica standardni odabrani crtični kodovi su tri plastidna (rbcL, matK i trnH-psbA) i jedan nuklearni (ITS) genski region. Relativno visoka i očuvana stopa evolucije mtDNA u sekvencama učinila je COI markerom izbora kod životinja. BOLD je besplatno dostupna platforma za skladištenje i analizu podataka zasnovana na oblaku, a razvijena s ciljem unapređenja nauke o biološkoj raznolikosti kroz identifikaciju vrsta s barkodom DNK. Do danas je preko 6 miliona barkodova deponovano u BOLD sa 196 000 životinjskih vrsta, 68 000 biljnih vrsta i 22 000 vrsta gljivica i drugih unosa u organizme. U ovoj bazi podataka trenutno postoji 447 unosa za organizme iz Bosne i Hercegovine, što čini 0,0067% od ukupnog broja BOLD unosa. Prema BOLD statistikama, samo 1,11% svih unosa organizama iz BiH su podnijele institucije BiH.
Uprkos činjenici da Bosna i Hercegovina ima vrijedne prirodne resurse s visokim procentom endemskih i autohtonih vrsta, BOLD statistika je rasvijetlila nedostatak koordiniranog i sistematskog istraživanja barkodiranja DNK do sada. Potrebno je uspostaviti kontinuirani napredak molekularno-genetske karakterizacije ovih resursa u budućnosti. Na BiH. Institucijama je da odluče žele li nastaviti s praksom povremenog dostavljanja podataka ili će animirati istraživačku zajednicu da aktivno učestvuje u ovom globalnom projektu.
References
BOLD (2019). Barcode of life. (http://www.boldsystems.org/index.php) accessed: 03.02.2019.
Costa, F., Mamos T., Vieira, P.E. (2018). Aquatic macroinvertebrates diversity and evolution: some novel perspectives after 15 years of DNA barcoding [Abstract]. 3rd Central European Symposium for Macroinvertebrate Research. 19.
Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R., Vrijenhoek, R. (1994). DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Mol. Mar. Biol. Biotechnol., 3(5), 294-299.
Harms-Tuohy, C.A., Schizas, N.V., & Appeldoorn, R.S. (2016). Use of DNA metabarcoding for stomach content analysis in the invasive lionfish Pterois volitans in Puerto Rico. Mar. Ecol. Prog. Ser., 558, 181-191.
Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., & deWaard, J.R. (2003a). Biological identifications through DNA barcodes. Proc. R. Soc. Lond. B., 270, 313-321.
Hebert, P.D.N., Ratnasingham, S., deWaard, J.R. (2003b). Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc. R. Soc. Lond. B., 270, S96–S99.
iBOL (2017). What is DNA Barcoding? How DNA Barcoding Works and What it Will Do (http://www.ibol.org/phase1/about-us/what-is-dna-barcoding/) downloaded: 03.08.2018.
Kalamujić Stroil, B., Dorić, S., Hanjalić, J., Lasić, L., Pojskić, N. (2017). Regional biodiversity database (REBIDA) – The first comprehensive database of biological diversity of Bosnia and Herzegovina. Genetics & Applications, 1(2), 59-65.
Kalamujić Stroil, B., Dorić, S., Lukić Bilela, L., Pojskić, N. (2018b). Applied bioinformatics - Practicum. Sarajevo: Institute for Genetic Engineering and Biotechnology, Sarajevo.
Kalamujić Stroil, B., Lasić, L., Hanjalić, J., Mačar, S., & Vesnić, A. (2018a). The first DNA barcode record for Rhyacophila bosnica Schmid, 1970 and pairing of adult and larval life stages. Genetics & Applications, 2(2), 20-27.
Kress, W.J., & Erickson, D.L. (2008). DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics. PNAS. 105, 2761-2762.
Kress, W.J., & Erickson, D.L. (2012). DNA barcodes: Methods and protocols. Springer New York Dordrecht Heidelberg London: Springer Science+Business Media
Ratnasingham, S., & Hebert, P.D.N. (2007). BOLD: The Barcode of Life Data System. Mol. Ecol. Notes. 7(3), 355–364
Turnhout, E., & Boonman-Berson, S. (2011). Databases, scaling practices, and the globalization of biodiversity. Ecol. Soc., 16, 35.
